src/ten/ten.h File Reference

#include <math.h>
#include <teem/air.h>
#include <teem/biff.h>
#include <teem/ell.h>
#include <teem/nrrd.h>
#include <teem/unrrdu.h>
#include <teem/dye.h>
#include <teem/gage.h>
#include <teem/limn.h>
#include <teem/echo.h>
#include "tenMacros.h"

Include dependency graph for ten.h:


Data Structures

struct  tenGlyphParm
struct  tenEvecRGBParm
struct  tenFiberContext
struct  tenFiberSingle
struct  tenFiberMulti
struct  tenEMBimodalParm
struct  tenGradientParm
struct  tenEstimateContext
struct  tenDwiGageKindData
struct  tenDwiGagePvlData
struct  tenInterpParm

Defines

#define TEN_EXPORT   extern
#define TEN   tenBiffKey
#define TEN_ANISO_MAX   29
#define TEN_INTERP_TYPE_MAX   10
#define TEN_GLYPH_TYPE_MAX   4
#define TEN_ANISO_DESC
#define TEN_GAGE_ITEM_MAX   157
#define TEN_DWI_GAGE_ITEM_MAX   35
#define TEN_ESTIMATE_1_METHOD_MAX   4
#define TEN_ESTIMATE_2_METHOD_MAX   2
#define TEN_FIBER_TYPE_MAX   6
#define TEN_DWI_FIBER_TYPE_MAX   3
#define TEN_FIBER_INTG_MAX   3
#define TEN_FIBER_STOP_MAX   10
#define TEN_FIBER_NUM_STEPS_MAX   10240
#define TEN_FIBER_PARM_MAX   4
#define TEN_TRIPLE_TYPE_MAX   9
#define TEN_DWI_GAGE_KIND_NAME   "dwi"
#define TEND_DECLARE(C)   TEN_EXPORT unrrduCmd tend_##C##Cmd;
#define TEND_LIST(C)   &tend_##C##Cmd,
#define TEND_MAP(F)

Enumerations

enum  {
  tenAnisoUnknown, tenAniso_Conf, tenAniso_Cl1, tenAniso_Cp1,
  tenAniso_Ca1, tenAniso_Clpmin1, tenAniso_Cs1, tenAniso_Ct1,
  tenAniso_Cl2, tenAniso_Cp2, tenAniso_Ca2, tenAniso_Clpmin2,
  tenAniso_Cs2, tenAniso_Ct2, tenAniso_RA, tenAniso_FA,
  tenAniso_VF, tenAniso_B, tenAniso_Q, tenAniso_R,
  tenAniso_S, tenAniso_Skew, tenAniso_Mode, tenAniso_Th,
  tenAniso_Omega, tenAniso_Det, tenAniso_Tr, tenAniso_eval0,
  tenAniso_eval1, tenAniso_eval2, tenAnisoLast
}
enum  {
  tenInterpTypeUnknown, tenInterpTypeLinear, tenInterpTypeLogLinear, tenInterpTypeAffineInvariant,
  tenInterpTypeWang, tenInterpTypeGeoLoxK, tenInterpTypeGeoLoxR, tenInterpTypeLoxK,
  tenInterpTypeLoxR, tenInterpTypeQuatGeoLoxK, tenInterpTypeQuatGeoLoxR, tenInterpTypeLast
}
enum  {
  tenGlyphTypeUnknown, tenGlyphTypeBox, tenGlyphTypeSphere, tenGlyphTypeCylinder,
  tenGlyphTypeSuperquad, tenGlyphTypeLast
}
enum  {
  tenGageUnknown, tenGageTensor, tenGageConfidence, tenGageTrace,
  tenGageNorm, tenGageB, tenGageDet, tenGageS,
  tenGageQ, tenGageFA, tenGageR, tenGageMode,
  tenGageTheta, tenGageModeWarp, tenGageOmega, tenGageEval,
  tenGageEval0, tenGageEval1, tenGageEval2, tenGageEvec,
  tenGageEvec0, tenGageEvec1, tenGageEvec2, tenGageDelNormK2,
  tenGageDelNormK3, tenGageDelNormR1, tenGageDelNormR2, tenGageDelNormPhi1,
  tenGageDelNormPhi2, tenGageDelNormPhi3, tenGageTensorGrad, tenGageTensorGradMag,
  tenGageTensorGradMagMag, tenGageTraceGradVec, tenGageTraceGradMag, tenGageTraceNormal,
  tenGageNormGradVec, tenGageNormGradMag, tenGageNormNormal, tenGageBGradVec,
  tenGageBGradMag, tenGageBNormal, tenGageDetGradVec, tenGageDetGradMag,
  tenGageDetNormal, tenGageSGradVec, tenGageSGradMag, tenGageSNormal,
  tenGageQGradVec, tenGageQGradMag, tenGageQNormal, tenGageFAGradVec,
  tenGageFAGradMag, tenGageFANormal, tenGageRGradVec, tenGageRGradMag,
  tenGageRNormal, tenGageModeGradVec, tenGageModeGradMag, tenGageModeNormal,
  tenGageThetaGradVec, tenGageThetaGradMag, tenGageThetaNormal, tenGageOmegaGradVec,
  tenGageOmegaGradMag, tenGageOmegaNormal, tenGageInvarKGrads, tenGageInvarKGradMags,
  tenGageInvarRGrads, tenGageInvarRGradMags, tenGageRotTans, tenGageRotTanMags,
  tenGageEvalGrads, tenGageCl1, tenGageCp1, tenGageCa1,
  tenGageClpmin1, tenGageCl2, tenGageCp2, tenGageCa2,
  tenGageClpmin2, tenGageHessian, tenGageTraceHessian, tenGageBHessian,
  tenGageDetHessian, tenGageSHessian, tenGageQHessian, tenGageFAHessian,
  tenGageFAHessianEval, tenGageFAHessianEval0, tenGageFAHessianEval1, tenGageFAHessianEval2,
  tenGageFAHessianEvec, tenGageFAHessianEvec0, tenGageFAHessianEvec1, tenGageFAHessianEvec2,
  tenGageFARidgeSurfaceStrength, tenGageFAValleySurfaceStrength, tenGageFALaplacian, tenGageFAHessianEvalMode,
  tenGageFA2ndDD, tenGageFAGeomTens, tenGageFAKappa1, tenGageFAKappa2,
  tenGageFATotalCurv, tenGageFAShapeIndex, tenGageFAMeanCurv, tenGageFAGaussCurv,
  tenGageFACurvDir1, tenGageFACurvDir2, tenGageFAFlowlineCurv, tenGageRHessian,
  tenGageModeHessian, tenGageModeHessianEval, tenGageModeHessianEval0, tenGageModeHessianEval1,
  tenGageModeHessianEval2, tenGageModeHessianEvec, tenGageModeHessianEvec0, tenGageModeHessianEvec1,
  tenGageModeHessianEvec2, tenGageOmegaHessian, tenGageOmegaHessianEval, tenGageOmegaHessianEval0,
  tenGageOmegaHessianEval1, tenGageOmegaHessianEval2, tenGageOmegaHessianEvec, tenGageOmegaHessianEvec0,
  tenGageOmegaHessianEvec1, tenGageOmegaHessianEvec2, tenGageOmegaLaplacian, tenGageOmega2ndDD,
  tenGageTraceGradVecDotEvec0, tenGageTraceDiffusionAlign, tenGageTraceDiffusionFraction, tenGageFAGradVecDotEvec0,
  tenGageFADiffusionAlign, tenGageFADiffusionFraction, tenGageOmegaGradVecDotEvec0, tenGageOmegaDiffusionAlign,
  tenGageOmegaDiffusionFraction, tenGageConfGradVecDotEvec0, tenGageConfDiffusionAlign, tenGageConfDiffusionFraction,
  tenGageCovariance, tenGageCovarianceRGRT, tenGageCovarianceKGRT, tenGageTensorLogEuclidean,
  tenGageTensorQuatGeoLoxK, tenGageTensorQuatGeoLoxR, tenGageAniso, tenGageCl1GradVec,
  tenGageCl1GradMag, tenGageCp1GradVec, tenGageCp1GradMag, tenGageCa1GradVec,
  tenGageCa1GradMag, tenGageTensorGradRotE, tenGageLast
}
enum  {
  tenDwiGageUnknown, tenDwiGageAll, tenDwiGageB0, tenDwiGageJustDWI,
  tenDwiGageADC, tenDwiGageMeanDWIValue, tenDwiGageTensorLLS, tenDwiGageTensorLLSError,
  tenDwiGageTensorLLSErrorLog, tenDwiGageTensorLLSLikelihood, tenDwiGageTensorWLS, tenDwiGageTensorWLSError,
  tenDwiGageTensorWLSErrorLog, tenDwiGageTensorWLSLikelihood, tenDwiGageTensorNLS, tenDwiGageTensorNLSError,
  tenDwiGageTensorNLSErrorLog, tenDwiGageTensorNLSLikelihood, tenDwiGageTensorMLE, tenDwiGageTensorMLEError,
  tenDwiGageTensorMLEErrorLog, tenDwiGageTensorMLELikelihood, tenDwiGageTensor, tenDwiGageTensorError,
  tenDwiGageTensorErrorLog, tenDwiGageTensorLikelihood, tenDwiGageConfidence, tenDwiGageFA,
  tenDwiGageTensorAllDWIError, tenDwiGage2TensorQSeg, tenDwiGage2TensorQSegError, tenDwiGage2TensorQSegAndError,
  tenDwiGage2TensorPeled, tenDwiGage2TensorPeledError, tenDwiGage2TensorPeledAndError, tenDwiGage2TensorPeledLevmarInfo,
  tenDwiGageLast
}
enum  {
  tenEstimate1MethodUnknown, tenEstimate1MethodLLS, tenEstimate1MethodWLS, tenEstimate1MethodNLS,
  tenEstimate1MethodMLE, tenEstimate1MethodLast
}
enum  { tenEstimate2MethodUnknown, tenEstimate2MethodQSegLLS, tenEstimate2MethodPeled, tenEstimate2MethodLast }
enum  {
  tenFiberTypeUnknown, tenFiberTypeEvec0, tenFiberTypeEvec1, tenFiberTypeEvec2,
  tenFiberTypeTensorLine, tenFiberTypePureLine, tenFiberTypeZhukov, tenFiberTypeLast
}
enum  {
  tenDwiFiberTypeUnknown, tenDwiFiberType1Evec0, tenDwiFiberType2Evec0, tenDwiFiberType12BlendEvec0,
  tenDwiFiberTypeLast
}
enum  {
  tenFiberIntgUnknown, tenFiberIntgEuler, tenFiberIntgMidpoint, tenFiberIntgRK4,
  tenFiberIntgLast
}
enum  {
  tenFiberStopUnknown, tenFiberStopAniso, tenFiberStopLength, tenFiberStopNumSteps,
  tenFiberStopConfidence, tenFiberStopRadius, tenFiberStopBounds, tenFiberStopFraction,
  tenFiberStopStub, tenFiberStopMinLength, tenFiberStopMinNumSteps, tenFiberStopLast
}
enum  {
  tenFiberParmUnknown, tenFiberParmStepSize, tenFiberParmUseIndexSpace, tenFiberParmWPunct,
  tenFiberParmVerbose, tenFiberParmLast
}
enum  {
  tenTripleTypeUnknown, tenTripleTypeEigenvalue, tenTripleTypeMoment, tenTripleTypeXYZ,
  tenTripleTypeRThetaZ, tenTripleTypeRThetaPhi, tenTripleTypeJ, tenTripleTypeK,
  tenTripleTypeR, tenTripleTypeWheelParm, tenTripleTypeLast
}

Functions

TEN_EXPORT void tenTripleConvertSingle_d (double dst[3], int dstType, const double src[3], const int srcType)
TEN_EXPORT void tenTripleConvertSingle_f (float dst[3], int dstType, const float src[3], const int srcType)
TEN_EXPORT void tenTripleCalcSingle_d (double dst[3], int ttype, double ten[7])
TEN_EXPORT void tenTripleCalcSingle_f (float dst[3], int ttype, float ten[7])
TEN_EXPORT int tenTripleCalc (Nrrd *nout, int ttype, const Nrrd *nten)
TEN_EXPORT int tenTripleConvert (Nrrd *nout, int dstType, const Nrrd *nin, int srcType)
TEN_EXPORT tenGradientParmtenGradientParmNew (void)
TEN_EXPORT tenGradientParmtenGradientParmNix (tenGradientParm *tgparm)
TEN_EXPORT int tenGradientCheck (const Nrrd *ngrad, int type, unsigned int minnum)
TEN_EXPORT int tenGradientRandom (Nrrd *ngrad, unsigned int num, unsigned int seed)
TEN_EXPORT double tenGradientIdealEdge (unsigned int N, int single)
TEN_EXPORT int tenGradientJitter (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, double dist)
TEN_EXPORT int tenGradientBalance (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, tenGradientParm *tgparm)
TEN_EXPORT void tenGradientMeasure (double *pot, double *minAngle, double *minEdge, const Nrrd *npos, tenGradientParm *tgparm, int edgeNormalize)
TEN_EXPORT int tenGradientDistribute (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, tenGradientParm *tgparm)
TEN_EXPORT int tenGradientGenerate (Nrrd *nout, unsigned int num, tenGradientParm *tgparm)
TEN_EXPORT tenInterpParmtenInterpParmNew ()
TEN_EXPORT tenInterpParmtenInterpParmCopy (tenInterpParm *tip)
TEN_EXPORT int tenInterpParmBufferAlloc (tenInterpParm *tip, unsigned int num)
TEN_EXPORT tenInterpParmtenInterpParmNix (tenInterpParm *tip)
TEN_EXPORT void tenInterpTwo_d (double oten[7], const double tenA[7], const double tenB[7], int ptype, double aa, tenInterpParm *tip)
TEN_EXPORT int tenInterpN_d (double tenOut[7], const double *tenIn, const double *wght, unsigned int num, int ptype, tenInterpParm *tip)
TEN_EXPORT double tenInterpPathLength (Nrrd *npath, int doubleVerts, int fancy, int shape)
TEN_EXPORT int tenInterpTwoDiscrete_d (Nrrd *nout, const double tenA[7], const double tenB[7], int ptype, unsigned int num, tenInterpParm *tip)
TEN_EXPORT double tenInterpDistanceTwo_d (const double tenA[7], const double tenB[7], int ptype, tenInterpParm *tip)
TEN_EXPORT int tenInterpMulti3D (Nrrd *nout, const Nrrd *const *nin, const double *wght, unsigned int ninNum, int ptype, tenInterpParm *tip)
TEN_EXPORT tenGlyphParmtenGlyphParmNew ()
TEN_EXPORT tenGlyphParmtenGlyphParmNix (tenGlyphParm *parm)
TEN_EXPORT int tenGlyphParmCheck (tenGlyphParm *parm, const Nrrd *nten, const Nrrd *npos, const Nrrd *nslc)
TEN_EXPORT int tenGlyphGen (limnObject *glyphs, echoScene *scene, tenGlyphParm *parm, const Nrrd *nten, const Nrrd *npos, const Nrrd *nslc)
TEN_EXPORT int tenTensorCheck (const Nrrd *nin, int wantType, int want4D, int useBiff)
TEN_EXPORT int tenMeasurementFrameReduce (Nrrd *nout, const Nrrd *nin)
TEN_EXPORT int tenExpand (Nrrd *tnine, const Nrrd *tseven, double scale, double thresh)
TEN_EXPORT int tenShrink (Nrrd *tseven, const Nrrd *nconf, const Nrrd *tnine)
TEN_EXPORT int tenEigensolve_f (float eval[3], float evec[9], const float ten[7])
TEN_EXPORT int tenEigensolve_d (double eval[3], double evec[9], const double ten[7])
TEN_EXPORT void tenMakeSingle_f (float ten[7], float conf, const float eval[3], const float evec[9])
TEN_EXPORT void tenMakeSingle_d (double ten[7], double conf, const double eval[3], const double evec[9])
TEN_EXPORT int tenMake (Nrrd *nout, const Nrrd *nconf, const Nrrd *neval, const Nrrd *nevec)
TEN_EXPORT int tenSlice (Nrrd *nout, const Nrrd *nten, unsigned int axis, size_t pos, unsigned int dim)
TEN_EXPORT void tenInvariantGradientsK_d (double K1[7], double K2[7], double K3[7], const double ten[7], const double minnorm)
TEN_EXPORT void tenInvariantGradientsR_d (double R1[7], double R2[7], double R3[7], const double ten[7], const double minnorm)
TEN_EXPORT void tenRotationTangents_d (double phi1[7], double phi2[7], double phi3[7], const double evec[9])
TEN_EXPORT void tenLogSingle_d (double logten[7], const double ten[7])
TEN_EXPORT void tenLogSingle_f (float logten[7], const float ten[7])
TEN_EXPORT void tenExpSingle_d (double expten[7], const double ten[7])
TEN_EXPORT void tenExpSingle_f (float expten[7], const float ten[7])
TEN_EXPORT void tenSqrtSingle_d (double sqrtten[7], const double ten[7])
TEN_EXPORT void tenSqrtSingle_f (float sqrtten[7], const float ten[7])
TEN_EXPORT void tenPowSingle_d (double powten[7], const double ten[7], double power)
TEN_EXPORT void tenPowSingle_f (float powten[7], const float ten[7], float power)
TEN_EXPORT void tenInv_f (float inv[7], const float ten[7])
TEN_EXPORT void tenInv_d (double inv[7], const double ten[7])
TEN_EXPORT double tenDoubleContract_d (double a[7], double T[21], double b[7])
TEN_EXPORT int tenDWMRIKeyValueParse (Nrrd **ngradP, Nrrd **nbmatP, double *bP, unsigned int **skip, unsigned int *skipNum, const Nrrd *ndwi)
TEN_EXPORT int tenBMatrixCalc (Nrrd *nbmat, const Nrrd *ngrad)
TEN_EXPORT int tenEMatrixCalc (Nrrd *nemat, const Nrrd *nbmat, int knownB0)
TEN_EXPORT void tenEstimateLinearSingle_f (float *ten, float *B0P, const float *dwi, const double *emat, double *vbuf, unsigned int DD, int knownB0, float thresh, float soft, float b)
TEN_EXPORT void tenEstimateLinearSingle_d (double *ten, double *B0P, const double *dwi, const double *emat, double *vbuf, unsigned int DD, int knownB0, double thresh, double soft, double b)
TEN_EXPORT int tenEstimateLinear3D (Nrrd *nten, Nrrd **nterrP, Nrrd **nB0P, const Nrrd *const *ndwi, unsigned int dwiLen, const Nrrd *nbmat, int knownB0, double thresh, double soft, double b)
TEN_EXPORT int tenEstimateLinear4D (Nrrd *nten, Nrrd **nterrP, Nrrd **nB0P, const Nrrd *ndwi, const Nrrd *_nbmat, int knownB0, double thresh, double soft, double b)
TEN_EXPORT void tenSimulateSingle_f (float *dwi, float B0, const float *ten, const double *bmat, unsigned int DD, float b)
TEN_EXPORT int tenSimulate (Nrrd *ndwi, const Nrrd *nT2, const Nrrd *nten, const Nrrd *nbmat, double b)
TEN_EXPORT tenEstimateContexttenEstimateContextNew ()
TEN_EXPORT void tenEstimateVerboseSet (tenEstimateContext *tec, int verbose)
TEN_EXPORT void tenEstimateNegEvalShiftSet (tenEstimateContext *tec, int doit)
TEN_EXPORT int tenEstimateMethodSet (tenEstimateContext *tec, int estMethod)
TEN_EXPORT int tenEstimateSigmaSet (tenEstimateContext *tec, double sigma)
TEN_EXPORT int tenEstimateValueMinSet (tenEstimateContext *tec, double valueMin)
TEN_EXPORT int tenEstimateGradientsSet (tenEstimateContext *tec, const Nrrd *ngrad, double bValue, int estimateB0)
TEN_EXPORT int tenEstimateBMatricesSet (tenEstimateContext *tec, const Nrrd *nbmat, double bValue, int estimateB0)
TEN_EXPORT int tenEstimateSkipSet (tenEstimateContext *tec, unsigned int valIdx, int doSkip)
TEN_EXPORT int tenEstimateSkipReset (tenEstimateContext *tec)
TEN_EXPORT int tenEstimateThresholdSet (tenEstimateContext *tec, double thresh, double soft)
TEN_EXPORT int tenEstimateUpdate (tenEstimateContext *tec)
TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSimulateSingle_f (tenEstimateContext *tec, float *simval, float sigma, float bValue, float B0, const float _ten[7])
TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSimulateSingle_d (tenEstimateContext *tec, double *simval, double sigma, double bValue, double B0, const double ten[7])
TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSimulateVolume (tenEstimateContext *tec, Nrrd *ndwi, double sigma, double bValue, const Nrrd *nB0, const Nrrd *nten, int outType, int keyValueSet)
TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSingle_f (tenEstimateContext *tec, float ten[7], const float *all)
TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSingle_d (tenEstimateContext *tec, double ten[7], const double *all)
TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorVolume4D (tenEstimateContext *tec, Nrrd *nten, Nrrd **nB0P, Nrrd **nterrP, const Nrrd *ndwi, int outType)
TEN_EXPORT tenEstimateContexttenEstimateContextNix (tenEstimateContext *tec)
TEN_EXPORT float tenAnisoEval_f (const float eval[3], int aniso)
TEN_EXPORT double tenAnisoEval_d (const double eval[3], int aniso)
TEN_EXPORT float tenAnisoTen_f (const float ten[7], int aniso)
TEN_EXPORT double tenAnisoTen_d (const double ten[7], int aniso)
TEN_EXPORT int tenAnisoPlot (Nrrd *nout, int aniso, unsigned int res, int hflip, int whole, int nanout)
TEN_EXPORT int tenAnisoVolume (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, int aniso, double confThresh)
TEN_EXPORT int tenAnisoHistogram (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, const Nrrd *nwght, int right, int version, unsigned int resolution)
TEN_EXPORT tenEvecRGBParmtenEvecRGBParmNew (void)
TEN_EXPORT tenEvecRGBParmtenEvecRGBParmNix (tenEvecRGBParm *rgbp)
TEN_EXPORT int tenEvecRGBParmCheck (const tenEvecRGBParm *rgbp)
TEN_EXPORT void tenEvecRGBSingle_f (float RGB[3], float conf, const float eval[3], const float evec[3], const tenEvecRGBParm *rgbp)
TEN_EXPORT void tenEvecRGBSingle_d (double RGB[3], double conf, const double eval[3], const double evec[3], const tenEvecRGBParm *rgbp)
TEN_EXPORT int tenEvecRGB (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, const tenEvecRGBParm *rgbp)
TEN_EXPORT short tenEvqSingle_f (float vec[3], float scl)
TEN_EXPORT int tenEvqVolume (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, int which, int aniso, int scaleByAniso)
TEN_EXPORT int tenBMatrixCheck (const Nrrd *nbmat, int type, unsigned int minnum)
TEN_EXPORT int _tenFindValley (double *valP, const Nrrd *nhist, double tweak, int save)
TEN_EXPORT void tenFiberSingleInit (tenFiberSingle *tfbs)
TEN_EXPORT void tenFiberSingleDone (tenFiberSingle *tfbs)
TEN_EXPORT tenFiberSingletenFiberSingleNew ()
TEN_EXPORT tenFiberSingletenFiberSingleNix (tenFiberSingle *tfbs)
TEN_EXPORT tenFiberContexttenFiberContextNew (const Nrrd *dtvol)
TEN_EXPORT tenFiberContexttenFiberContextDwiNew (const Nrrd *dwivol, double thresh, double soft, double valueMin, int ten1method, int ten2method)
TEN_EXPORT void tenFiberVerboseSet (tenFiberContext *tfx, int verbose)
TEN_EXPORT int tenFiberTypeSet (tenFiberContext *tfx, int type)
TEN_EXPORT int tenFiberKernelSet (tenFiberContext *tfx, const NrrdKernel *kern, const double parm[NRRD_KERNEL_PARMS_NUM])
TEN_EXPORT int tenFiberIntgSet (tenFiberContext *tfx, int intg)
TEN_EXPORT int tenFiberStopSet (tenFiberContext *tfx, int stop,...)
TEN_EXPORT int tenFiberStopAnisoSet (tenFiberContext *tfx, int anisoType, double anisoThresh)
TEN_EXPORT int tenFiberStopDoubleSet (tenFiberContext *tfx, int stop, double val)
TEN_EXPORT int tenFiberStopUIntSet (tenFiberContext *tfx, int stop, unsigned int val)
TEN_EXPORT void tenFiberStopOn (tenFiberContext *tfx, int stop)
TEN_EXPORT void tenFiberStopOff (tenFiberContext *tfx, int stop)
TEN_EXPORT void tenFiberStopReset (tenFiberContext *tfx)
TEN_EXPORT int tenFiberAnisoSpeedSet (tenFiberContext *tfx, int aniso, double lerp, double thresh, double soft)
TEN_EXPORT int tenFiberAnisoSpeedReset (tenFiberContext *tfx)
TEN_EXPORT int tenFiberParmSet (tenFiberContext *tfx, int parm, double val)
TEN_EXPORT int tenFiberUpdate (tenFiberContext *tfx)
TEN_EXPORT tenFiberContexttenFiberContextCopy (tenFiberContext *tfx)
TEN_EXPORT tenFiberContexttenFiberContextNix (tenFiberContext *tfx)
TEN_EXPORT int tenFiberTraceSet (tenFiberContext *tfx, Nrrd *nfiber, double *buff, unsigned int halfBuffLen, unsigned int *startIdxP, unsigned int *endIdxP, double seed[3])
TEN_EXPORT int tenFiberTrace (tenFiberContext *tfx, Nrrd *nfiber, double seed[3])
TEN_EXPORT unsigned int tenFiberDirectionNumber (tenFiberContext *tfx, double seed[3])
TEN_EXPORT int tenFiberSingleTrace (tenFiberContext *tfx, tenFiberSingle *tfbs, double seed[3], unsigned int which)
TEN_EXPORT tenFiberMultitenFiberMultiNew (void)
TEN_EXPORT tenFiberMultitenFiberMultiNix (tenFiberMulti *tfm)
TEN_EXPORT int tenFiberMultiTrace (tenFiberContext *tfx, tenFiberMulti *tfml, const Nrrd *nseed)
TEN_EXPORT int tenFiberMultiPolyData (tenFiberContext *tfx, limnPolyData *lpld, tenFiberMulti *tfml)
TEN_EXPORT int _tenEpiRegThresholdFind (double *DWthrP, Nrrd **nin, int ninLen, int save, double expo)
TEN_EXPORT int tenEpiRegister3D (Nrrd **nout, Nrrd **ndwi, unsigned int dwiLen, Nrrd *ngrad, int reference, double bwX, double bwY, double fitFrac, double DWthr, int doCC, const NrrdKernel *kern, double *kparm, int progress, int verbose)
TEN_EXPORT int tenEpiRegister4D (Nrrd *nout, Nrrd *nin, Nrrd *ngrad, int reference, double bwX, double bwY, double fitFrac, double DWthr, int doCC, const NrrdKernel *kern, double *kparm, int progress, int verbose)
TEN_EXPORT int tenSizeNormalize (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, double weight[3], double amount, double target)
TEN_EXPORT int tenSizeScale (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, double amount)
TEN_EXPORT int tenAnisoScale (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, double scale, int fixDet, int makePositive)
TEN_EXPORT int tenEigenvaluePower (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, double expo)
TEN_EXPORT int tenEigenvalueClamp (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, double min, double max)
TEN_EXPORT int tenEigenvalueAdd (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, double val)
TEN_EXPORT int tenLog (Nrrd *nout, const Nrrd *nin)
TEN_EXPORT int tenExp (Nrrd *nout, const Nrrd *nin)
TEN_EXPORT int tenBVecNonLinearFit (Nrrd *nout, const Nrrd *nin, double *bb, double *ww, int iterMax, double eps)
TEN_EXPORT gageKindtenDwiGageKindNew ()
TEN_EXPORT gageKindtenDwiGageKindNix (gageKind *dwiKind)
TEN_EXPORT int tenDwiGageKindSet (gageKind *dwiKind, double thresh, double soft, double bval, double valueMin, const Nrrd *ngrad, const Nrrd *nbmat, int emethod1, int emethod2, unsigned int randSeed)
TEN_EXPORT int tenDwiGageKindCheck (const gageKind *kind)
TEN_EXPORT tenEMBimodalParmtenEMBimodalParmNew (void)
TEN_EXPORT tenEMBimodalParmtenEMBimodalParmNix (tenEMBimodalParm *biparm)
TEN_EXPORT int tenEMBimodal (tenEMBimodalParm *biparm, const Nrrd *nhisto)
TEN_EXPORT void tendUsage (char *me, hestParm *hparm)

Variables

TEN_EXPORT const char * tenBiffKey
TEN_EXPORT const char tenDefFiberKernel []
TEN_EXPORT double tenDefFiberStepSize
TEN_EXPORT int tenDefFiberUseIndexSpace
TEN_EXPORT int tenDefFiberMaxNumSteps
TEN_EXPORT double tenDefFiberMaxHalfLen
TEN_EXPORT int tenDefFiberAnisoStopType
TEN_EXPORT double tenDefFiberAnisoThresh
TEN_EXPORT int tenDefFiberIntg
TEN_EXPORT double tenDefFiberWPunct
TEN_EXPORT airEnumtenAniso
TEN_EXPORT airEnumtenInterpType
TEN_EXPORT airEnum _tenGage
TEN_EXPORT airEnumtenGage
TEN_EXPORT airEnumtenFiberType
TEN_EXPORT airEnumtenDwiFiberType
TEN_EXPORT airEnumtenFiberStop
TEN_EXPORT airEnumtenFiberIntg
TEN_EXPORT airEnumtenGlyphType
TEN_EXPORT airEnumtenEstimate1Method
TEN_EXPORT airEnumtenEstimate2Method
TEN_EXPORT airEnumtenTripleType
TEN_EXPORT int tenVerbose
TEN_EXPORT const char * tenDWMRIModalityKey
TEN_EXPORT const char * tenDWMRIModalityVal
TEN_EXPORT const char * tenDWMRINAVal
TEN_EXPORT const char * tenDWMRIBValueKey
TEN_EXPORT const char * tenDWMRIGradKeyFmt
TEN_EXPORT const char * tenDWMRIBmatKeyFmt
TEN_EXPORT const char * tenDWMRINexKeyFmt
TEN_EXPORT const char * tenDWMRISkipKeyFmt
TEN_EXPORT float(* _tenAnisoEval_f [TEN_ANISO_MAX+1])(const float eval[3])
TEN_EXPORT double(* _tenAnisoEval_d [TEN_ANISO_MAX+1])(const double eval[3])
TEN_EXPORT float(* _tenAnisoTen_f [TEN_ANISO_MAX+1])(const float ten[7])
TEN_EXPORT double(* _tenAnisoTen_d [TEN_ANISO_MAX+1])(const double ten[7])
TEN_EXPORT gageKindtenGageKind
TEN_EXPORT airEnum _tenDwiGage
TEN_EXPORT airEnumtenDwiGage
TEN_EXPORT unrrduCmdtendCmdList []
TEN_EXPORT hestCBtendFiberStopCB

Define Documentation

#define TEN   tenBiffKey

#define TEN_ANISO_DESC

Value:

"All the Westin metrics come in two versions.  Currently supported:\n " \
  "\b\bo \"cl1\", \"cl2\": Westin's linear\n " \
  "\b\bo \"cp1\", \"cp2\": Westin's planar\n " \
  "\b\bo \"ca1\", \"ca2\": Westin's linear + planar\n " \
  "\b\bo \"cs1\", \"cs2\": Westin's spherical (1-ca)\n " \
  "\b\bo \"ct1\", \"ct2\": GK's anisotropy type (cp/ca)\n " \
  "\b\bo \"ra\": Basser/Pierpaoli relative anisotropy/sqrt(2)\n " \
  "\b\bo \"fa\": Basser/Pierpaoli fractional anisotropy\n " \
  "\b\bo \"vf\": volume fraction = 1-(Basser/Pierpaoli volume ratio)\n " \
  "\b\bo \"tr\": trace"

#define TEN_ANISO_MAX   29

#define TEN_DWI_FIBER_TYPE_MAX   3

#define TEN_DWI_GAGE_ITEM_MAX   35

#define TEN_DWI_GAGE_KIND_NAME   "dwi"

#define TEN_ESTIMATE_1_METHOD_MAX   4

#define TEN_ESTIMATE_2_METHOD_MAX   2

#define TEN_EXPORT   extern

#define TEN_FIBER_INTG_MAX   3

#define TEN_FIBER_NUM_STEPS_MAX   10240

#define TEN_FIBER_PARM_MAX   4

#define TEN_FIBER_STOP_MAX   10

#define TEN_FIBER_TYPE_MAX   6

#define TEN_GAGE_ITEM_MAX   157

#define TEN_GLYPH_TYPE_MAX   4

#define TEN_INTERP_TYPE_MAX   10

#define TEN_TRIPLE_TYPE_MAX   9

#define TEND_DECLARE (  )     TEN_EXPORT unrrduCmd tend_##C##Cmd;

#define TEND_LIST (  )     &tend_##C##Cmd,

#define TEND_MAP (  ) 


Enumeration Type Documentation

anonymous enum

Enumerator:
tenAnisoUnknown 
tenAniso_Conf 
tenAniso_Cl1 
tenAniso_Cp1 
tenAniso_Ca1 
tenAniso_Clpmin1 
tenAniso_Cs1 
tenAniso_Ct1 
tenAniso_Cl2 
tenAniso_Cp2 
tenAniso_Ca2 
tenAniso_Clpmin2 
tenAniso_Cs2 
tenAniso_Ct2 
tenAniso_RA 
tenAniso_FA 
tenAniso_VF 
tenAniso_B 
tenAniso_Q 
tenAniso_R 
tenAniso_S 
tenAniso_Skew 
tenAniso_Mode 
tenAniso_Th 
tenAniso_Omega 
tenAniso_Det 
tenAniso_Tr 
tenAniso_eval0 
tenAniso_eval1 
tenAniso_eval2 
tenAnisoLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenInterpTypeUnknown 
tenInterpTypeLinear 
tenInterpTypeLogLinear 
tenInterpTypeAffineInvariant 
tenInterpTypeWang 
tenInterpTypeGeoLoxK 
tenInterpTypeGeoLoxR 
tenInterpTypeLoxK 
tenInterpTypeLoxR 
tenInterpTypeQuatGeoLoxK 
tenInterpTypeQuatGeoLoxR 
tenInterpTypeLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenGlyphTypeUnknown 
tenGlyphTypeBox 
tenGlyphTypeSphere 
tenGlyphTypeCylinder 
tenGlyphTypeSuperquad 
tenGlyphTypeLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenGageUnknown 
tenGageTensor 
tenGageConfidence 
tenGageTrace 
tenGageNorm 
tenGageB 
tenGageDet 
tenGageS 
tenGageQ 
tenGageFA 
tenGageR 
tenGageMode 
tenGageTheta 
tenGageModeWarp 
tenGageOmega 
tenGageEval 
tenGageEval0 
tenGageEval1 
tenGageEval2 
tenGageEvec 
tenGageEvec0 
tenGageEvec1 
tenGageEvec2 
tenGageDelNormK2 
tenGageDelNormK3 
tenGageDelNormR1 
tenGageDelNormR2 
tenGageDelNormPhi1 
tenGageDelNormPhi2 
tenGageDelNormPhi3 
tenGageTensorGrad 
tenGageTensorGradMag 
tenGageTensorGradMagMag 
tenGageTraceGradVec 
tenGageTraceGradMag 
tenGageTraceNormal 
tenGageNormGradVec 
tenGageNormGradMag 
tenGageNormNormal 
tenGageBGradVec 
tenGageBGradMag 
tenGageBNormal 
tenGageDetGradVec 
tenGageDetGradMag 
tenGageDetNormal 
tenGageSGradVec 
tenGageSGradMag 
tenGageSNormal 
tenGageQGradVec 
tenGageQGradMag 
tenGageQNormal 
tenGageFAGradVec 
tenGageFAGradMag 
tenGageFANormal 
tenGageRGradVec 
tenGageRGradMag 
tenGageRNormal 
tenGageModeGradVec 
tenGageModeGradMag 
tenGageModeNormal 
tenGageThetaGradVec 
tenGageThetaGradMag 
tenGageThetaNormal 
tenGageOmegaGradVec 
tenGageOmegaGradMag 
tenGageOmegaNormal 
tenGageInvarKGrads 
tenGageInvarKGradMags 
tenGageInvarRGrads 
tenGageInvarRGradMags 
tenGageRotTans 
tenGageRotTanMags 
tenGageEvalGrads 
tenGageCl1 
tenGageCp1 
tenGageCa1 
tenGageClpmin1 
tenGageCl2 
tenGageCp2 
tenGageCa2 
tenGageClpmin2 
tenGageHessian 
tenGageTraceHessian 
tenGageBHessian 
tenGageDetHessian 
tenGageSHessian 
tenGageQHessian 
tenGageFAHessian 
tenGageFAHessianEval 
tenGageFAHessianEval0 
tenGageFAHessianEval1 
tenGageFAHessianEval2 
tenGageFAHessianEvec 
tenGageFAHessianEvec0 
tenGageFAHessianEvec1 
tenGageFAHessianEvec2 
tenGageFARidgeSurfaceStrength 
tenGageFAValleySurfaceStrength 
tenGageFALaplacian 
tenGageFAHessianEvalMode 
tenGageFA2ndDD 
tenGageFAGeomTens 
tenGageFAKappa1 
tenGageFAKappa2 
tenGageFATotalCurv 
tenGageFAShapeIndex 
tenGageFAMeanCurv 
tenGageFAGaussCurv 
tenGageFACurvDir1 
tenGageFACurvDir2 
tenGageFAFlowlineCurv 
tenGageRHessian 
tenGageModeHessian 
tenGageModeHessianEval 
tenGageModeHessianEval0 
tenGageModeHessianEval1 
tenGageModeHessianEval2 
tenGageModeHessianEvec 
tenGageModeHessianEvec0 
tenGageModeHessianEvec1 
tenGageModeHessianEvec2 
tenGageOmegaHessian 
tenGageOmegaHessianEval 
tenGageOmegaHessianEval0 
tenGageOmegaHessianEval1 
tenGageOmegaHessianEval2 
tenGageOmegaHessianEvec 
tenGageOmegaHessianEvec0 
tenGageOmegaHessianEvec1 
tenGageOmegaHessianEvec2 
tenGageOmegaLaplacian 
tenGageOmega2ndDD 
tenGageTraceGradVecDotEvec0 
tenGageTraceDiffusionAlign 
tenGageTraceDiffusionFraction 
tenGageFAGradVecDotEvec0 
tenGageFADiffusionAlign 
tenGageFADiffusionFraction 
tenGageOmegaGradVecDotEvec0 
tenGageOmegaDiffusionAlign 
tenGageOmegaDiffusionFraction 
tenGageConfGradVecDotEvec0 
tenGageConfDiffusionAlign 
tenGageConfDiffusionFraction 
tenGageCovariance 
tenGageCovarianceRGRT 
tenGageCovarianceKGRT 
tenGageTensorLogEuclidean 
tenGageTensorQuatGeoLoxK 
tenGageTensorQuatGeoLoxR 
tenGageAniso 
tenGageCl1GradVec 
tenGageCl1GradMag 
tenGageCp1GradVec 
tenGageCp1GradMag 
tenGageCa1GradVec 
tenGageCa1GradMag 
tenGageTensorGradRotE 
tenGageLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenDwiGageUnknown 
tenDwiGageAll 
tenDwiGageB0 
tenDwiGageJustDWI 
tenDwiGageADC 
tenDwiGageMeanDWIValue 
tenDwiGageTensorLLS 
tenDwiGageTensorLLSError 
tenDwiGageTensorLLSErrorLog 
tenDwiGageTensorLLSLikelihood 
tenDwiGageTensorWLS 
tenDwiGageTensorWLSError 
tenDwiGageTensorWLSErrorLog 
tenDwiGageTensorWLSLikelihood 
tenDwiGageTensorNLS 
tenDwiGageTensorNLSError 
tenDwiGageTensorNLSErrorLog 
tenDwiGageTensorNLSLikelihood 
tenDwiGageTensorMLE 
tenDwiGageTensorMLEError 
tenDwiGageTensorMLEErrorLog 
tenDwiGageTensorMLELikelihood 
tenDwiGageTensor 
tenDwiGageTensorError 
tenDwiGageTensorErrorLog 
tenDwiGageTensorLikelihood 
tenDwiGageConfidence 
tenDwiGageFA 
tenDwiGageTensorAllDWIError 
tenDwiGage2TensorQSeg 
tenDwiGage2TensorQSegError 
tenDwiGage2TensorQSegAndError 
tenDwiGage2TensorPeled 
tenDwiGage2TensorPeledError 
tenDwiGage2TensorPeledAndError 
tenDwiGage2TensorPeledLevmarInfo 
tenDwiGageLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenEstimate1MethodUnknown 
tenEstimate1MethodLLS 
tenEstimate1MethodWLS 
tenEstimate1MethodNLS 
tenEstimate1MethodMLE 
tenEstimate1MethodLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenEstimate2MethodUnknown 
tenEstimate2MethodQSegLLS 
tenEstimate2MethodPeled 
tenEstimate2MethodLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenFiberTypeUnknown 
tenFiberTypeEvec0 
tenFiberTypeEvec1 
tenFiberTypeEvec2 
tenFiberTypeTensorLine 
tenFiberTypePureLine 
tenFiberTypeZhukov 
tenFiberTypeLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenDwiFiberTypeUnknown 
tenDwiFiberType1Evec0 
tenDwiFiberType2Evec0 
tenDwiFiberType12BlendEvec0 
tenDwiFiberTypeLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenFiberIntgUnknown 
tenFiberIntgEuler 
tenFiberIntgMidpoint 
tenFiberIntgRK4 
tenFiberIntgLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenFiberStopUnknown 
tenFiberStopAniso 
tenFiberStopLength 
tenFiberStopNumSteps 
tenFiberStopConfidence 
tenFiberStopRadius 
tenFiberStopBounds 
tenFiberStopFraction 
tenFiberStopStub 
tenFiberStopMinLength 
tenFiberStopMinNumSteps 
tenFiberStopLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenFiberParmUnknown 
tenFiberParmStepSize 
tenFiberParmUseIndexSpace 
tenFiberParmWPunct 
tenFiberParmVerbose 
tenFiberParmLast 

anonymous enum

Enumerator:
tenTripleTypeUnknown 
tenTripleTypeEigenvalue 
tenTripleTypeMoment 
tenTripleTypeXYZ 
tenTripleTypeRThetaZ 
tenTripleTypeRThetaPhi 
tenTripleTypeJ 
tenTripleTypeK 
tenTripleTypeR 
tenTripleTypeWheelParm 
tenTripleTypeLast 


Function Documentation

TEN_EXPORT int _tenEpiRegThresholdFind ( double *  DWthrP,
Nrrd **  nin,
int  ninLen,
int  save,
double  expo 
)

TEN_EXPORT int _tenFindValley ( double *  valP,
const Nrrd nhist,
double  tweak,
int  save 
)

TEN_EXPORT double tenAnisoEval_d ( const double  eval[3],
int  aniso 
)

TEN_EXPORT float tenAnisoEval_f ( const float  eval[3],
int  aniso 
)

TEN_EXPORT int tenAnisoHistogram ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
const Nrrd nwght,
int  right,
int  version,
unsigned int  resolution 
)

TEN_EXPORT int tenAnisoPlot ( Nrrd nout,
int  aniso,
unsigned int  res,
int  hflip,
int  whole,
int  nanout 
)

TEN_EXPORT int tenAnisoScale ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
double  scale,
int  fixDet,
int  makePositive 
)

TEN_EXPORT double tenAnisoTen_d ( const double  ten[7],
int  aniso 
)

TEN_EXPORT float tenAnisoTen_f ( const float  ten[7],
int  aniso 
)

TEN_EXPORT int tenAnisoVolume ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
int  aniso,
double  confThresh 
)

TEN_EXPORT int tenBMatrixCalc ( Nrrd nbmat,
const Nrrd ngrad 
)

TEN_EXPORT int tenBMatrixCheck ( const Nrrd nbmat,
int  type,
unsigned int  minnum 
)

TEN_EXPORT int tenBVecNonLinearFit ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
double *  bb,
double *  ww,
int  iterMax,
double  eps 
)

TEN_EXPORT double tenDoubleContract_d ( double  a[7],
double  T[21],
double  b[7] 
)

TEN_EXPORT void tendUsage ( char *  me,
hestParm hparm 
)

TEN_EXPORT int tenDwiGageKindCheck ( const gageKind kind  ) 

TEN_EXPORT gageKind* tenDwiGageKindNew (  ) 

TEN_EXPORT gageKind* tenDwiGageKindNix ( gageKind dwiKind  ) 

TEN_EXPORT int tenDwiGageKindSet ( gageKind dwiKind,
double  thresh,
double  soft,
double  bval,
double  valueMin,
const Nrrd ngrad,
const Nrrd nbmat,
int  emethod1,
int  emethod2,
unsigned int  randSeed 
)

TEN_EXPORT int tenDWMRIKeyValueParse ( Nrrd **  ngradP,
Nrrd **  nbmatP,
double *  bP,
unsigned int **  skip,
unsigned int *  skipNum,
const Nrrd ndwi 
)

TEN_EXPORT int tenEigensolve_d ( double  eval[3],
double  evec[9],
const double  ten[7] 
)

TEN_EXPORT int tenEigensolve_f ( float  eval[3],
float  evec[9],
const float  ten[7] 
)

TEN_EXPORT int tenEigenvalueAdd ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
double  val 
)

TEN_EXPORT int tenEigenvalueClamp ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
double  min,
double  max 
)

TEN_EXPORT int tenEigenvaluePower ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
double  expo 
)

TEN_EXPORT int tenEMatrixCalc ( Nrrd nemat,
const Nrrd nbmat,
int  knownB0 
)

TEN_EXPORT int tenEMBimodal ( tenEMBimodalParm biparm,
const Nrrd nhisto 
)

TEN_EXPORT tenEMBimodalParm* tenEMBimodalParmNew ( void   ) 

TEN_EXPORT tenEMBimodalParm* tenEMBimodalParmNix ( tenEMBimodalParm biparm  ) 

TEN_EXPORT int tenEpiRegister3D ( Nrrd **  nout,
Nrrd **  ndwi,
unsigned int  dwiLen,
Nrrd ngrad,
int  reference,
double  bwX,
double  bwY,
double  fitFrac,
double  DWthr,
int  doCC,
const NrrdKernel kern,
double *  kparm,
int  progress,
int  verbose 
)

TEN_EXPORT int tenEpiRegister4D ( Nrrd nout,
Nrrd nin,
Nrrd ngrad,
int  reference,
double  bwX,
double  bwY,
double  fitFrac,
double  DWthr,
int  doCC,
const NrrdKernel kern,
double *  kparm,
int  progress,
int  verbose 
)

TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSimulateSingle_d ( tenEstimateContext tec,
double *  simval,
double  sigma,
double  bValue,
double  B0,
const double  ten[7] 
)

TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSimulateSingle_f ( tenEstimateContext tec,
float *  simval,
float  sigma,
float  bValue,
float  B0,
const float  _ten[7] 
)

TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSimulateVolume ( tenEstimateContext tec,
Nrrd ndwi,
double  sigma,
double  bValue,
const Nrrd nB0,
const Nrrd nten,
int  outType,
int  keyValueSet 
)

TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSingle_d ( tenEstimateContext tec,
double  ten[7],
const double *  all 
)

TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorSingle_f ( tenEstimateContext tec,
float  ten[7],
const float *  all 
)

TEN_EXPORT int tenEstimate1TensorVolume4D ( tenEstimateContext tec,
Nrrd nten,
Nrrd **  nB0P,
Nrrd **  nterrP,
const Nrrd ndwi,
int  outType 
)

TEN_EXPORT int tenEstimateBMatricesSet ( tenEstimateContext tec,
const Nrrd nbmat,
double  bValue,
int  estimateB0 
)

TEN_EXPORT tenEstimateContext* tenEstimateContextNew (  ) 

TEN_EXPORT tenEstimateContext* tenEstimateContextNix ( tenEstimateContext tec  ) 

TEN_EXPORT int tenEstimateGradientsSet ( tenEstimateContext tec,
const Nrrd ngrad,
double  bValue,
int  estimateB0 
)

TEN_EXPORT int tenEstimateLinear3D ( Nrrd nten,
Nrrd **  nterrP,
Nrrd **  nB0P,
const Nrrd *const *  ndwi,
unsigned int  dwiLen,
const Nrrd nbmat,
int  knownB0,
double  thresh,
double  soft,
double  b 
)

TEN_EXPORT int tenEstimateLinear4D ( Nrrd nten,
Nrrd **  nterrP,
Nrrd **  nB0P,
const Nrrd ndwi,
const Nrrd _nbmat,
int  knownB0,
double  thresh,
double  soft,
double  b 
)

TEN_EXPORT void tenEstimateLinearSingle_d ( double *  ten,
double *  B0P,
const double *  dwi,
const double *  emat,
double *  vbuf,
unsigned int  DD,
int  knownB0,
double  thresh,
double  soft,
double  b 
)

TEN_EXPORT void tenEstimateLinearSingle_f ( float *  ten,
float *  B0P,
const float *  dwi,
const double *  emat,
double *  vbuf,
unsigned int  DD,
int  knownB0,
float  thresh,
float  soft,
float  b 
)

TEN_EXPORT int tenEstimateMethodSet ( tenEstimateContext tec,
int  estMethod 
)

TEN_EXPORT void tenEstimateNegEvalShiftSet ( tenEstimateContext tec,
int  doit 
)

TEN_EXPORT int tenEstimateSigmaSet ( tenEstimateContext tec,
double  sigma 
)

TEN_EXPORT int tenEstimateSkipReset ( tenEstimateContext tec  ) 

TEN_EXPORT int tenEstimateSkipSet ( tenEstimateContext tec,
unsigned int  valIdx,
int  doSkip 
)

TEN_EXPORT int tenEstimateThresholdSet ( tenEstimateContext tec,
double  thresh,
double  soft 
)

TEN_EXPORT int tenEstimateUpdate ( tenEstimateContext tec  ) 

TEN_EXPORT int tenEstimateValueMinSet ( tenEstimateContext tec,
double  valueMin 
)

TEN_EXPORT void tenEstimateVerboseSet ( tenEstimateContext tec,
int  verbose 
)

TEN_EXPORT int tenEvecRGB ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
const tenEvecRGBParm rgbp 
)

TEN_EXPORT int tenEvecRGBParmCheck ( const tenEvecRGBParm rgbp  ) 

TEN_EXPORT tenEvecRGBParm* tenEvecRGBParmNew ( void   ) 

TEN_EXPORT tenEvecRGBParm* tenEvecRGBParmNix ( tenEvecRGBParm rgbp  ) 

TEN_EXPORT void tenEvecRGBSingle_d ( double  RGB[3],
double  conf,
const double  eval[3],
const double  evec[3],
const tenEvecRGBParm rgbp 
)

TEN_EXPORT void tenEvecRGBSingle_f ( float  RGB[3],
float  conf,
const float  eval[3],
const float  evec[3],
const tenEvecRGBParm rgbp 
)

TEN_EXPORT short tenEvqSingle_f ( float  vec[3],
float  scl 
)

TEN_EXPORT int tenEvqVolume ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
int  which,
int  aniso,
int  scaleByAniso 
)

TEN_EXPORT int tenExp ( Nrrd nout,
const Nrrd nin 
)

TEN_EXPORT int tenExpand ( Nrrd tnine,
const Nrrd tseven,
double  scale,
double  thresh 
)

TEN_EXPORT void tenExpSingle_d ( double  expten[7],
const double  ten[7] 
)

TEN_EXPORT void tenExpSingle_f ( float  expten[7],
const float  ten[7] 
)

TEN_EXPORT int tenFiberAnisoSpeedReset ( tenFiberContext tfx  ) 

TEN_EXPORT int tenFiberAnisoSpeedSet ( tenFiberContext tfx,
int  aniso,
double  lerp,
double  thresh,
double  soft 
)

TEN_EXPORT tenFiberContext* tenFiberContextCopy ( tenFiberContext tfx  ) 

TEN_EXPORT tenFiberContext* tenFiberContextDwiNew ( const Nrrd dwivol,
double  thresh,
double  soft,
double  valueMin,
int  ten1method,
int  ten2method 
)

TEN_EXPORT tenFiberContext* tenFiberContextNew ( const Nrrd dtvol  ) 

TEN_EXPORT tenFiberContext* tenFiberContextNix ( tenFiberContext tfx  ) 

TEN_EXPORT unsigned int tenFiberDirectionNumber ( tenFiberContext tfx,
double  seed[3] 
)

TEN_EXPORT int tenFiberIntgSet ( tenFiberContext tfx,
int  intg 
)

TEN_EXPORT int tenFiberKernelSet ( tenFiberContext tfx,
const NrrdKernel kern,
const double  parm[NRRD_KERNEL_PARMS_NUM] 
)

TEN_EXPORT tenFiberMulti* tenFiberMultiNew ( void   ) 

TEN_EXPORT tenFiberMulti* tenFiberMultiNix ( tenFiberMulti tfm  ) 

TEN_EXPORT int tenFiberMultiPolyData ( tenFiberContext tfx,
limnPolyData lpld,
tenFiberMulti tfml 
)

TEN_EXPORT int tenFiberMultiTrace ( tenFiberContext tfx,
tenFiberMulti tfml,
const Nrrd nseed 
)

TEN_EXPORT int tenFiberParmSet ( tenFiberContext tfx,
int  parm,
double  val 
)

TEN_EXPORT void tenFiberSingleDone ( tenFiberSingle tfbs  ) 

TEN_EXPORT void tenFiberSingleInit ( tenFiberSingle tfbs  ) 

TEN_EXPORT tenFiberSingle* tenFiberSingleNew (  ) 

TEN_EXPORT tenFiberSingle* tenFiberSingleNix ( tenFiberSingle tfbs  ) 

TEN_EXPORT int tenFiberSingleTrace ( tenFiberContext tfx,
tenFiberSingle tfbs,
double  seed[3],
unsigned int  which 
)

TEN_EXPORT int tenFiberStopAnisoSet ( tenFiberContext tfx,
int  anisoType,
double  anisoThresh 
)

TEN_EXPORT int tenFiberStopDoubleSet ( tenFiberContext tfx,
int  stop,
double  val 
)

TEN_EXPORT void tenFiberStopOff ( tenFiberContext tfx,
int  stop 
)

TEN_EXPORT void tenFiberStopOn ( tenFiberContext tfx,
int  stop 
)

TEN_EXPORT void tenFiberStopReset ( tenFiberContext tfx  ) 

TEN_EXPORT int tenFiberStopSet ( tenFiberContext tfx,
int  stop,
  ... 
)

TEN_EXPORT int tenFiberStopUIntSet ( tenFiberContext tfx,
int  stop,
unsigned int  val 
)

TEN_EXPORT int tenFiberTrace ( tenFiberContext tfx,
Nrrd nfiber,
double  seed[3] 
)

TEN_EXPORT int tenFiberTraceSet ( tenFiberContext tfx,
Nrrd nfiber,
double *  buff,
unsigned int  halfBuffLen,
unsigned int *  startIdxP,
unsigned int *  endIdxP,
double  seed[3] 
)

TEN_EXPORT int tenFiberTypeSet ( tenFiberContext tfx,
int  type 
)

TEN_EXPORT int tenFiberUpdate ( tenFiberContext tfx  ) 

TEN_EXPORT void tenFiberVerboseSet ( tenFiberContext tfx,
int  verbose 
)

TEN_EXPORT int tenGlyphGen ( limnObject glyphs,
echoScene scene,
tenGlyphParm parm,
const Nrrd nten,
const Nrrd npos,
const Nrrd nslc 
)

TEN_EXPORT int tenGlyphParmCheck ( tenGlyphParm parm,
const Nrrd nten,
const Nrrd npos,
const Nrrd nslc 
)

TEN_EXPORT tenGlyphParm* tenGlyphParmNew (  ) 

TEN_EXPORT tenGlyphParm* tenGlyphParmNix ( tenGlyphParm parm  ) 

TEN_EXPORT int tenGradientBalance ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
tenGradientParm tgparm 
)

TEN_EXPORT int tenGradientCheck ( const Nrrd ngrad,
int  type,
unsigned int  minnum 
)

TEN_EXPORT int tenGradientDistribute ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
tenGradientParm tgparm 
)

TEN_EXPORT int tenGradientGenerate ( Nrrd nout,
unsigned int  num,
tenGradientParm tgparm 
)

TEN_EXPORT double tenGradientIdealEdge ( unsigned int  N,
int  single 
)

TEN_EXPORT int tenGradientJitter ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
double  dist 
)

TEN_EXPORT void tenGradientMeasure ( double *  pot,
double *  minAngle,
double *  minEdge,
const Nrrd npos,
tenGradientParm tgparm,
int  edgeNormalize 
)

TEN_EXPORT tenGradientParm* tenGradientParmNew ( void   ) 

TEN_EXPORT tenGradientParm* tenGradientParmNix ( tenGradientParm tgparm  ) 

TEN_EXPORT int tenGradientRandom ( Nrrd ngrad,
unsigned int  num,
unsigned int  seed 
)

TEN_EXPORT double tenInterpDistanceTwo_d ( const double  tenA[7],
const double  tenB[7],
int  ptype,
tenInterpParm tip 
)

TEN_EXPORT int tenInterpMulti3D ( Nrrd nout,
const Nrrd *const *  nin,
const double *  wght,
unsigned int  ninNum,
int  ptype,
tenInterpParm tip 
)

TEN_EXPORT int tenInterpN_d ( double  tenOut[7],
const double *  tenIn,
const double *  wght,
unsigned int  num,
int  ptype,
tenInterpParm tip 
)

TEN_EXPORT int tenInterpParmBufferAlloc ( tenInterpParm tip,
unsigned int  num 
)

TEN_EXPORT tenInterpParm* tenInterpParmCopy ( tenInterpParm tip  ) 

TEN_EXPORT tenInterpParm* tenInterpParmNew (  ) 

TEN_EXPORT tenInterpParm* tenInterpParmNix ( tenInterpParm tip  ) 

TEN_EXPORT double tenInterpPathLength ( Nrrd npath,
int  doubleVerts,
int  fancy,
int  shape 
)

TEN_EXPORT void tenInterpTwo_d ( double  oten[7],
const double  tenA[7],
const double  tenB[7],
int  ptype,
double  aa,
tenInterpParm tip 
)

TEN_EXPORT int tenInterpTwoDiscrete_d ( Nrrd nout,
const double  tenA[7],
const double  tenB[7],
int  ptype,
unsigned int  num,
tenInterpParm tip 
)

TEN_EXPORT void tenInv_d ( double  inv[7],
const double  ten[7] 
)

TEN_EXPORT void tenInv_f ( float  inv[7],
const float  ten[7] 
)

TEN_EXPORT void tenInvariantGradientsK_d ( double  K1[7],
double  K2[7],
double  K3[7],
const double  ten[7],
const double  minnorm 
)

TEN_EXPORT void tenInvariantGradientsR_d ( double  R1[7],
double  R2[7],
double  R3[7],
const double  ten[7],
const double  minnorm 
)

TEN_EXPORT int tenLog ( Nrrd nout,
const Nrrd nin 
)

TEN_EXPORT void tenLogSingle_d ( double  logten[7],
const double  ten[7] 
)

TEN_EXPORT void tenLogSingle_f ( float  logten[7],
const float  ten[7] 
)

TEN_EXPORT int tenMake ( Nrrd nout,
const Nrrd nconf,
const Nrrd neval,
const Nrrd nevec 
)

TEN_EXPORT void tenMakeSingle_d ( double  ten[7],
double  conf,
const double  eval[3],
const double  evec[9] 
)

TEN_EXPORT void tenMakeSingle_f ( float  ten[7],
float  conf,
const float  eval[3],
const float  evec[9] 
)

TEN_EXPORT int tenMeasurementFrameReduce ( Nrrd nout,
const Nrrd nin 
)

TEN_EXPORT void tenPowSingle_d ( double  powten[7],
const double  ten[7],
double  power 
)

TEN_EXPORT void tenPowSingle_f ( float  powten[7],
const float  ten[7],
float  power 
)

TEN_EXPORT void tenRotationTangents_d ( double  phi1[7],
double  phi2[7],
double  phi3[7],
const double  evec[9] 
)

TEN_EXPORT int tenShrink ( Nrrd tseven,
const Nrrd nconf,
const Nrrd tnine 
)

TEN_EXPORT int tenSimulate ( Nrrd ndwi,
const Nrrd nT2,
const Nrrd nten,
const Nrrd nbmat,
double  b 
)

TEN_EXPORT void tenSimulateSingle_f ( float *  dwi,
float  B0,
const float *  ten,
const double *  bmat,
unsigned int  DD,
float  b 
)

TEN_EXPORT int tenSizeNormalize ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
double  weight[3],
double  amount,
double  target 
)

TEN_EXPORT int tenSizeScale ( Nrrd nout,
const Nrrd nin,
double  amount 
)

TEN_EXPORT int tenSlice ( Nrrd nout,
const Nrrd nten,
unsigned int  axis,
size_t  pos,
unsigned int  dim 
)

TEN_EXPORT void tenSqrtSingle_d ( double  sqrtten[7],
const double  ten[7] 
)

TEN_EXPORT void tenSqrtSingle_f ( float  sqrtten[7],
const float  ten[7] 
)

TEN_EXPORT int tenTensorCheck ( const Nrrd nin,
int  wantType,
int  want4D,
int  useBiff 
)

TEN_EXPORT int tenTripleCalc ( Nrrd nout,
int  ttype,
const Nrrd nten 
)

TEN_EXPORT void tenTripleCalcSingle_d ( double  dst[3],
int  ttype,
double  ten[7] 
)

TEN_EXPORT void tenTripleCalcSingle_f ( float  dst[3],
int  ttype,
float  ten[7] 
)

TEN_EXPORT int tenTripleConvert ( Nrrd nout,
int  dstType,
const Nrrd nin,
int  srcType 
)

TEN_EXPORT void tenTripleConvertSingle_d ( double  dst[3],
int  dstType,
const double  src[3],
const int  srcType 
)

TEN_EXPORT void tenTripleConvertSingle_f ( float  dst[3],
int  dstType,
const float  src[3],
const int  srcType 
)


Variable Documentation

TEN_EXPORT double(* _tenAnisoEval_d[TEN_ANISO_MAX+1])(const double eval[3])

TEN_EXPORT float(* _tenAnisoEval_f[TEN_ANISO_MAX+1])(const float eval[3])

TEN_EXPORT double(* _tenAnisoTen_d[TEN_ANISO_MAX+1])(const double ten[7])

TEN_EXPORT float(* _tenAnisoTen_f[TEN_ANISO_MAX+1])(const float ten[7])

TEN_EXPORT airEnum _tenDwiGage

TEN_EXPORT airEnum _tenGage

TEN_EXPORT airEnum* tenAniso

TEN_EXPORT const char* tenBiffKey

TEN_EXPORT unrrduCmd* tendCmdList[]

TEN_EXPORT int tenDefFiberAnisoStopType

TEN_EXPORT double tenDefFiberAnisoThresh

TEN_EXPORT int tenDefFiberIntg

TEN_EXPORT const char tenDefFiberKernel[]

TEN_EXPORT double tenDefFiberMaxHalfLen

TEN_EXPORT int tenDefFiberMaxNumSteps

TEN_EXPORT double tenDefFiberStepSize

TEN_EXPORT int tenDefFiberUseIndexSpace

TEN_EXPORT double tenDefFiberWPunct

TEN_EXPORT hestCB* tendFiberStopCB

TEN_EXPORT airEnum* tenDwiFiberType

TEN_EXPORT airEnum* tenDwiGage

TEN_EXPORT const char* tenDWMRIBmatKeyFmt

TEN_EXPORT const char* tenDWMRIBValueKey

TEN_EXPORT const char* tenDWMRIGradKeyFmt

TEN_EXPORT const char* tenDWMRIModalityKey

TEN_EXPORT const char* tenDWMRIModalityVal

TEN_EXPORT const char* tenDWMRINAVal

TEN_EXPORT const char* tenDWMRINexKeyFmt

TEN_EXPORT const char* tenDWMRISkipKeyFmt

TEN_EXPORT airEnum* tenFiberIntg

TEN_EXPORT airEnum* tenFiberStop

TEN_EXPORT airEnum* tenFiberType

TEN_EXPORT airEnum* tenGage

TEN_EXPORT gageKind* tenGageKind

TEN_EXPORT airEnum* tenGlyphType

TEN_EXPORT airEnum* tenInterpType

TEN_EXPORT airEnum* tenTripleType

TEN_EXPORT int tenVerbose


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