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Referencia de funcionamiento interno: es un conjunto de páginas HTML con una tupida red de enlaces cruzados, que documentan al detalle el meollo de todas y cada una de las clases, objetos y funciones de LilyPond. Se produce directamente a partir de las definiciones de formateo que se utilizan.
Casi toda la funcionalidad de formateo que se emplea internamente, se encuentra disponible para el usuario de forma directa. Por ejemplo, todas las variables que controlan los valores de grosor, distancias, etc., se pueden cambiar dentro de los archivos de entrada. Hay un enorme número de opciones de formateo, y todas ellas se describen en este documento. Cada sección del manual de notación tiene una subsección Véase también, que hace referencia a la documentación generada. En el documento HTML, estas subsecciones llevan enlaces que se pueden seguir, pulsando sobre ellos.