MEncoder obsługuje strumienie wejściowe na dwa sposoby: koduje lub kopiuje je. Ta sekcja jest o kopiowaniu.
Strumień video (opcja -ovc copy): ładne rzeczy można wyczyniać:) Jak, wstawianie (nie konwertowanie) FLI, VIDO lub MPEG1 video w plik AVI ! Oczywiście tylko MPlayer potrafi odtwarzać takie pliki :) I prawdopodobnie nie ma dla tego żadnego sensownego zastosowania. Na zdrowy rozsądek: kopiowanie strumieni video może być przydatne tylko wtedy, gdy np. tylko strumień audio ma być zakodowany (np. PCM do MP3).
Strumień audio (opcja -oac copy): prosto i przystępnie. Możliwe jest wmiksowanie zewnętrznego źródła (MP3, WAV) do strumienia wyjściowego. Użyj opcji -audiofile nazwa_pliku do tego celu.