A Kubuntuban az alkalmazások kezelésére több mód is van. Ezek telepítéséhez vagy eltávolításához csomagkezelő szükséges. A következő fejezetben az alábbi csomagkezelők kerülnek bemutatásra:
Grafikus kliensek
( → ) - Az alkalmazások telepítésének vagy eltávolításának legegyszerűbb módja.
( → → ) - Egy grafikus program, amely haladó csomagkezelést nyújt.
Parancssori segédeszközök
Az Advanced Package Tool rendszer szoftvercsomagok kezelésére szolgál.
Szövegalapú, magas szintű felület az apthez.
A csomagkezelő segítségével elérhető alkalmazások száma bővíthető. Alapértelmezésben nem az összes, a Kubuntu rendszerre elérhető alkalmazás került telepítésre.
Végezetül, ez a fejezet leírja a rendszer frissítésének módját.
Egyszerre csak egy csomagkezelő alkalmazás futtatható. Ha például elindítja a Programok hozzáadása/eltávolítása csomagkezelőt, majd megpróbálja elindítani az Adept alkalmazást, akkor ez utóbbi nem fog sikerülni. Mindig zárja be az éppen futó csomagkezelőt, mielőtt újabbat indítana.