在文件SpectrumRBFKernel.h第29行定义。
CSpectrumRBFKernel | ( | int32_t | size, | |
float64_t * | AA_matrix, | |||
int32_t | degree, | |||
float64_t | width | |||
) |
CSpectrumRBFKernel | ( | CStringFeatures< char > * | l, | |
CStringFeatures< char > * | r, | |||
int32_t | size, | |||
float64_t * | AA_matrix, | |||
int32_t | degree, | |||
float64_t | width | |||
) |
constructor
l | features of left-hand side | |
r | features of right-hand side | |
degree | degree |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第59行定义。
~CSpectrumRBFKernel | ( | ) | [virtual] |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第71行定义。
float64_t AA_helper | ( | const char * | path, | |
const int | degree, | |||
const char * | joint_seq, | |||
unsigned int | index | |||
) | [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第323行定义。
void cleanup | ( | ) | [virtual] |
float64_t compute | ( | int32_t | idx_a, | |
int32_t | idx_b | |||
) | [protected, virtual] |
compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object
idx_a | index a | |
idx_b | index b |
实现了CKernel。
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第345行定义。
int32_t get_degree | ( | ) | const |
int32_t get_degree | ( | ) |
virtual EKernelType get_kernel_type | ( | ) | [virtual] |
virtual const char* get_name | ( | ) | const [virtual] |
initialize kernel
l | features of left-hand side | |
r | features of right-hand side |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第272行定义。
void read_profiles_and_sequences | ( | ) | [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第84行定义。
void remove_lhs | ( | ) | [protected, virtual] |
bool set_AA_matrix | ( | float64_t * | AA_matrix_ | ) |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第368行定义。
bool set_degree | ( | int32_t | deg | ) |
maximum mismatch 128x128 scalar product matrix
在文件SpectrumRBFKernel.h第127行定义。
alphabet of features
在文件SpectrumRBFKernel.h第122行定义。
int32_t degree [protected] |
degree
在文件SpectrumRBFKernel.h第124行定义。
bool initialized [protected] |
if kernel is initialized
在文件SpectrumRBFKernel.h第142行定义。
CArray2<float64_t> kernel_matrix [protected] |
this *COULD* store the whole kernel matrix usually not applicable / necessary to compute the whole matrix
重载CKernel。
在文件SpectrumRBFKernel.h第146行定义。
int32_t max_mismatch [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第144行定义。
int32_t max_sequence_length [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第139行定义。
int32_t nof_sequences [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第138行定义。
在文件SpectrumRBFKernel.h第134行定义。
std::vector<std::string> sequence_labels [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第135行定义。
T_STRING<char>* sequences [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第136行定义。
CStringFeatures<char>* string_features [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第137行定义。
int target_letter_0 [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第147行定义。
width of Gaussian
在文件SpectrumRBFKernel.h第129行定义。