公有成员 | 保护成员 | 保护属性

CSpectrumMismatchRBFKernel类参考


详细描述

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h34行定义。

继承图,类CSpectrumMismatchRBFKernel
Inheritance graph
[图例]

所有成员的列表。

公有成员

 CSpectrumMismatchRBFKernel (int32_t size, float64_t *AA_matrix, int32_t degree, int32_t max_mismatch, float64_t width)
 CSpectrumMismatchRBFKernel (CStringFeatures< char > *l, CStringFeatures< char > *r, int32_t size, float64_t *AA_matrix, int32_t degree, int32_t max_mismatch, float64_t width)
virtual ~CSpectrumMismatchRBFKernel ()
virtual bool init (CFeatures *l, CFeatures *r)
virtual void cleanup ()
int32_t get_degree () const
int32_t get_max_mismatch () const
virtual EKernelType get_kernel_type ()
virtual const char * get_name () const
bool set_max_mismatch (int32_t max)
int32_t get_max_mismatch ()
bool set_degree (int32_t deg)
int32_t get_degree ()
bool set_AA_matrix (float64_t *AA_matrix_)

保护成员

float64_t AA_helper (std::string &path, const char *joint_seq, unsigned int index)
float64_t compute_helper (const char *joint_seq, std::vector< unsigned int > joint_index, std::vector< unsigned int > joint_mismatch, std::string path, unsigned int d, const int &alen)
void compute_helper_all (const char *joint_seq, std::vector< struct joint_list_struct > &joint_list, std::string path, unsigned int d)
void compute_all ()
float64_t compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b)
virtual void remove_lhs ()

保护属性

CAlphabetalphabet
int32_t degree
int32_t max_mismatch
double * AA_matrix
double width
bool initialized
CArray2< float64_tkernel_matrix
int target_letter_0

构造及析构函数文档

CSpectrumMismatchRBFKernel ( int32_t  size,
float64_t AA_matrix,
int32_t  degree,
int32_t  max_mismatch,
float64_t  width 
)

constructor

参数:
@param degree degree

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp57行定义。

CSpectrumMismatchRBFKernel ( CStringFeatures< char > *  l,
CStringFeatures< char > *  r,
int32_t  size,
float64_t AA_matrix,
int32_t  degree,
int32_t  max_mismatch,
float64_t  width 
)

constructor

参数:
l features of left-hand side
r features of right-hand side
degree degree

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp70行定义。

~CSpectrumMismatchRBFKernel (  )  [virtual]

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp81行定义。


成员函数文档

float64_t AA_helper ( std::string &  path,
const char *  joint_seq,
unsigned int  index 
) [protected]

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp131行定义。

void cleanup (  )  [virtual]

clean up kernel

重载CKernel

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp122行定义。

float64_t compute ( int32_t  idx_a,
int32_t  idx_b 
) [protected, virtual]

compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object

参数:
idx_a index a
idx_b index b
返回:
computed kernel function at indices a,b

实现了CKernel

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp370行定义。

void compute_all (  )  [protected]

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp335行定义。

float64_t compute_helper ( const char *  joint_seq,
std::vector< unsigned int >  joint_index,
std::vector< unsigned int >  joint_mismatch,
std::string  path,
unsigned int  d,
const int &  alen 
) [protected]
void compute_helper_all ( const char *  joint_seq,
std::vector< struct joint_list_struct > &  joint_list,
std::string  path,
unsigned int  d 
) [protected]

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp238行定义。

int32_t get_degree (  ) 

get degree

返回:
degree

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h121行定义。

int32_t get_degree (  )  const

get degree

返回:
degree of the kernel

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h71行定义。

virtual EKernelType get_kernel_type (  )  [virtual]

return what type of kernel we are

返回:
kernel type

实现了CKernel

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h89行定义。

int32_t get_max_mismatch (  ) 

get maximum mismatch

返回:
maximum mismatch

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h108行定义。

int32_t get_max_mismatch (  )  const

get the number of mismatches that are allowed

返回:
number of mismatches

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h80行定义。

virtual const char* get_name (  )  const [virtual]

return the kernel's name

返回:
name

实现了CSGObject

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h95行定义。

bool init ( CFeatures l,
CFeatures r 
) [virtual]

initialize kernel

参数:
l features of left-hand side
r features of right-hand side
返回:
if initializing was successful

重载CStringKernel< char >

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp94行定义。

void remove_lhs (  )  [protected, virtual]

remove lhs from kernel

重载CKernel

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp88行定义。

bool set_AA_matrix ( float64_t AA_matrix_  ) 

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp424行定义。

bool set_degree ( int32_t  deg  ) 

set degree

参数:
deg new degree
返回:
if setting was successful

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h115行定义。

bool set_max_mismatch ( int32_t  max  ) 

set maximum mismatch

参数:
max new maximum mismatch
返回:
if setting was successful

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.cpp438行定义。


成员数据文档

double* AA_matrix [protected]

128x128 scalar product matrix

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h163行定义。

CAlphabet* alphabet [protected]

alphabet of features

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h157行定义。

int32_t degree [protected]

degree

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h159行定义。

bool initialized [protected]

if kernel is initialized

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h168行定义。

this *COULD* store the whole kernel matrix usually not applicable / necessary to compute the whole matrix

重载CKernel

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h171行定义。

int32_t max_mismatch [protected]

maximum mismatch

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h161行定义。

int target_letter_0 [protected]

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h172行定义。

double width [protected]

width of Gaussian

在文件SpectrumMismatchRBFKernel.h165行定义。


该类的文档由以下文件生成:

SHOGUN Machine Learning Toolbox - Documentation