Nel formato dati interno di gretl un dataset è immagazzinato in XML (extensible mark-up language). I file di dati sono conformi al semplice DTD (document type definition) contenuto nel file gretldata.dtd, fornito con la distribuzione di gretl e installato nella directory dei dati di sistema (ad es. /usr/share/gretl/data su Linux). I file di dati possono essere non compressi o compressi con gzip; oltre ai valori dei dati, contengono altre informazioni aggiuntive, come i nomi e le descrizioni delle variabili, la frequenza dei dati e così via.
La maggior parte degli utenti probabilmente non avrà bisogno di leggere o scrivere questi file, se non usando gretl stesso, ma se si vuole manipolarli usando altri strumenti, può essere utile esaminare il DTD e qualcuno dei file di esempio forniti: il file data4-1.gdt dà un semplice esempio, il file data4-10.gdt invece contiene anche delle etichette per le osservazioni.